PubMed Central

Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
PubMed Central
РежиссерНациональная медицинская библиотека США (США)
История2000, чтобы представить
Доступ
РасходыСвободный
Покрытие
ДисциплиныЛекарство
Глубина записиИндекс, аннотация и полный текст
Формат покрытияжурнальные статьи
Ссылки
Интернет сайтhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Список (ы) заголовковhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/

PubMed Central ( PMC ) - это бесплатный цифровой репозиторий, в котором хранятся полнотекстовые научные статьи открытого доступа , опубликованные в биомедицинских журналах и журналах по естественным наукам . Как одна из основных исследовательских баз данных, разработанная Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), PubMed Central - это больше, чем просто хранилище документов. Материалы, поступающие в PMC, индексируются и форматируются с учетом расширенных метаданных , медицинской онтологии и уникальных идентификаторов, которые обогащают структурированные данные XML для каждой статьи. [1] Контент в PMC может быть связан с другими базами данных NCBI и доступен черезСистемы поиска и поиска Entrez , повышающие способность общественности открывать, читать и использовать свои биомедицинские знания. [2]

PubMed Central отличается от PubMed . [3] PubMed Central - это бесплатный цифровой архив полных статей, доступный каждому из любого места через веб-браузер (с различными условиями для повторного использования). И наоборот, хотя PubMed - это база данных биомедицинских цитат и рефератов с возможностью поиска, полнотекстовая статья находится в другом месте (в печатном или онлайн-варианте, бесплатно или за платным доступом подписчика ).

По состоянию на декабрь 2018 года архив PMC содержал более 5,2 миллиона статей [4], причем вклады поступали от издателей или авторов, депонирующих свои рукописи в репозиторий в соответствии с Политикой общественного доступа NIH . Более ранние данные показывают, что с января 2013 года по январь 2014 года инициированные авторами депозиты превысили 103 000 статей за 12-месячный период. [5] PMC определяет около 4000 журналов, которые в той или иной мере участвуют в размещении своего опубликованного контента в репозитории PMC. [6]Некоторые издатели откладывают выпуск своих статей на PubMed Central на определенное время после публикации, называемое «периодом эмбарго», который варьируется от нескольких месяцев до нескольких лет в зависимости от журнала. (Наиболее распространены эмбарго на срок от шести до двенадцати месяцев.) PubMed Central - ключевой пример «систематического внешнего распространения третьей стороной» [7], которое все еще запрещено соглашениями с участниками многих издателей.

Принятие [ править ]

Запущенный в феврале 2000 года, репозиторий быстро разросся, поскольку политика NIH в области общественного доступа разработана таким образом, чтобы все исследования, финансируемые Национальными институтами здравоохранения (NIH), были доступны для всех, и, кроме того, многие издатели сотрудничают с NIH. предоставить свободный доступ к своим произведениям. В конце 2007 года был подписан Закон о консолидированных ассигнованиях от 2008 года (HR 2764), который включал положение, обязывающее NIH изменять свою политику и требовать включения в PubMed Central полных электронных копий их рецензируемых исследований и результатов, полученных от NIH. исследование. Эти статьи должны быть включены в течение 12 месяцев после публикации. Это первый раз, когда правительство США потребовало от агентства предоставить открытый доступ.для исследования и является развитием политики 2005 года, в которой NIH просил исследователей добровольно добавлять свои исследования в PubMed Central. [8]

Британская версия системы PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , была разработана Wellcome Trust и Британской библиотекой в рамках группы из девяти британских спонсоров исследований. Эта система была запущена в январе 2007 года. 1 ноября 2012 года она была преобразована в Europe PubMed Central . Канадский член международной сети PubMed Central , PubMed Central Canada , был запущен в октябре 2009 года.

Язык разметки статей журнала "NLM Journal Publishing Tag Set" Национальной медицинской библиотеки находится в свободном доступе. [9] Ассоциация Узнала и профессиональное сообщество издатели отмечают , что «это, вероятно, станет стандартом для подготовки академическую контента для обоего книг и журналов». [10] Для книг доступно соответствующее DTD . [11] Библиотека Конгресса и Британская библиотека объявила о поддержке NLM DTD. [12] Он также был популярен среди поставщиков услуг журналов. [13]

С выпуском планов общественного доступа для многих агентств, помимо NIH, PMC находится в процессе превращения в репозиторий для более широкого круга статей. [14] Сюда входит контент НАСА с интерфейсом под торговой маркой «PubSpace». [15] [16]

Технология [ править ]

Статьи отправляются в PubMed Central издателями в XML или SGML с использованием различных DTD статей . Старые и крупные издатели могут иметь свои собственные установленные внутренние DTD, но многие издатели используют DTD NLM Journal Publishing (см. Выше).

Полученные статьи конвертируются через XSLT в очень похожее DTD NLM Archiving and Interchange. Этот процесс может выявить ошибки, которые будут отправлены издателю для исправления. Графика также преобразуется в стандартные форматы и размеры. Исходная и преобразованная формы архивируются. Преобразованная форма перемещается в реляционную базу данных вместе со связанными файлами для графики, мультимедиа или других связанных данных. Многие издатели также предоставляют PDF-файлы своих статей, и они доступны без изменений. [17]

Библиографические ссылки анализируются и автоматически связываются с соответствующими рефератами в PubMed, статьями в PubMed Central и ресурсами на веб-сайтах издателей. Ссылки PubMed также ведут на PubMed Central. Неразрешимые ссылки, такие как журналы или отдельные статьи, еще не доступные в одном из этих источников, отслеживаются в базе данных и автоматически становятся «живыми», когда ресурсы становятся доступными.

Внутренняя система индексирования обеспечивает возможность поиска и учитывает биологическую и медицинскую терминологию , такую ​​как родовые и патентованные названия лекарств, а также альтернативные названия организмов, болезней и анатомических частей.

Когда пользователь обращается к выпуску журнала, автоматически создается оглавление путем извлечения всех статей, писем, редакционных статей и т. Д. Для этого выпуска. Когда достигается фактический элемент, такой как статья, PubMed Central преобразует разметку NLM в HTML для доставки и предоставляет ссылки на связанные объекты данных. Это возможно, потому что множество входящих данных сначала было преобразовано в стандартные DTD и графические форматы.

В отдельном потоке отправки авторы, финансируемые NIH, могут размещать статьи в PubMed Central с помощью NIH Manuscript Submission (NIHMS). Отправленные таким образом статьи обычно проходят через разметку XML для преобразования в NLM DTD.

Прием [ править ]

Реакция на PubMed Central среди научного издательского сообщества варьируется от искреннего энтузиазма одних [18] до осторожного беспокойства других. [19]

Хотя PMC является желанным партнером издателей с открытым доступом в своей способности расширять открытие и распространение биомедицинских знаний, та же самая истина заставляет других беспокоиться о том, что трафик будет отвлекаться от опубликованной версии записи , а также об экономических последствиях сокращения читательской аудитории. как влияние на поддержание сообщества ученых в рамках ученых обществ. [20] [21] Анализ 2013 года обнаружил убедительные доказательства того, что публичные репозитории опубликованных статей были ответственны за «отвлечение значительного числа читателей от веб-сайтов журналов» и что «эффект PMC со временем растет». [22]

Библиотеки, университеты, сторонники открытого доступа, группы защиты здоровья потребителей и организации по защите прав пациентов приветствовали PubMed Central и надеются увидеть аналогичные репозитории с открытым доступом, разработанные другими федеральными финансирующими агентствами, чтобы свободно обмениваться любыми исследовательскими публикациями, которые стали результатом поддержки налогоплательщиков. . [23]

Антельманское исследование публикаций в открытом доступе показало, что в философии, политологии, электротехнике, электронной инженерии и математике статьи в открытом доступе имеют большее исследовательское влияние. [24] Рандомизированное испытание выявило увеличение количества скачиваний контента статей в открытом доступе без преимущества цитирования по сравнению с доступом по подписке через год после публикации. [25]

Политика NIH и работа с репозиториями с открытым доступом послужили основой для президентской директивы 2013 года, которая вызвала реакцию и в других федеральных агентствах.

В марте 2020 года PubMed Central ускорил процедуру депонирования полного текста публикаций о коронавирусе . NLM сделал это по запросу Управления научно-технической политики Белого дома и международных ученых, чтобы улучшить доступ для ученых, поставщиков медицинских услуг, новаторов в области интеллектуального анализа данных , исследователей в области искусственного интеллекта в области здравоохранения и широкой общественности. [26]

PMCID [ править ]

PMCID (идентификатор PubMed Central), также известный как ссылочный номер PMC, является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed Central, так же как PMID является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed . Однако эти два идентификатора различны. Он состоит из «PMC», за которым следует строка из семи цифр. Формат: [27]

  • PMCID: PMC1852221

Авторы, подающие заявку на получение награды NIH, должны указать PMCID в своей заявке.

См. Также [ править ]

  • Европа PubMed Central
  • JATS (технология)
  • MEDLINE , международная база данных литературы по наукам о жизни и биомедицинской информации
  • PMID (идентификатор PubMed)
  • PubMed Центральная Канада
  • Redalyc (аналогичный проект, ориентированный на Латинскую Америку)
  • SciELO (аналогичный сервис)

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Beck J (2010). «Отчет с мест: PubMed Central, XML-архив статей журнала наук о жизни». Материалы Международного симпозиума по XML для долгосрочного использования: вопросы долгосрочного сохранения XML . 6 . DOI : 10.4242 / BalisageVol6.Beck01 . ISBN 978-1-935958-02-4.
  2. Перейти ↑ Maloney C, Sequeira E, Kelly C, Orris R, Beck J (5 декабря 2013 г.). PubMed Central . Национальный центр биотехнологической информации (США).
  3. ^ «MEDLINE, PubMed и PMC (PubMed Central): чем они отличаются?» . www.nlm.nih.gov . 9 сентября 2019.
  4. ^ "Открытость по умолчанию", Inside Higher Ed , 16 января 2017 г.
  5. ^ «Статистика NIHMS» . nihms.nih.gov .
  6. ^ "Главная - ЧВК - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  7. ^ Уэрфелли Н. "Авторские права: что это такое" (PDF) .
  8. ^ «Открытый доступ к исследованиям NIH сделал закон» . Научный кодекс . 2007. Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года . Проверено 6 ноября 2013 года .
  9. ^ "Набор тегов публикации журнала" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 6 ноября 2013 года .
  10. ^ Французский D (4 августа 2006 г.). «Обновление технологии ALPSP: стандартный формат XML-документа: аргументы в пользу принятия NLM DTD» . ALPSP . Проверено 6 ноября 2013 года .
  11. ^ "Набор тегов книги NCBI" . dtd.nlm.nih.gov .
  12. ^ «Новости из Библиотеки Конгресса» . Библиотека Конгресса . 19 апреля 2006 . Проверено 6 ноября 2013 года .
  13. ^ "Inera Inc. - Ресурсы NLM DTD" . 19 февраля 2013 г. Архивировано из оригинала на 2013-02-19.
  14. ^ «Планы общественного доступа федеральных агентств США» . cendi.gov .
  15. ^ Kovo Y (22 июля 2016). «Открытый доступ к результатам исследований, финансируемых НАСА» . nasa.gov .
  16. ^ «НАСА в ЧВК» . preview.ncbi.nlm.nih.gov .
  17. ^ NLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite , Национальный центр биотехнической информации, Национальная медицинская библиотека
  18. ^ «PLOS приветствует Конгресс за действия по открытому доступу» . Архивировано из оригинала на 2016-05-07 . Проверено 7 февраля 2014 .
  19. ^ «Подача ACS в Управление по политике науки и технологий Запрос на информацию о публичном доступе к рецензируемым научным публикациям по результатам исследования, финансируемого из федерального бюджета» (PDF) . whitehouse.gov . Архивировано из оригинального (PDF) 11 июля 2012 года . Проверено 7 февраля 2014 .
  20. ^ Дэвис PM (октябрь 2012 г.). «Влияние публичного депонирования научных статей на читательскую аудиторию». Физиолог . 55 (5): 161, 163–5. PMID 23155924 . 
  21. ^ Дэвис PM (июль 2013 г.). «Публичный доступ к биомедицинским статьям из PubMed Central снижает читательскую аудиторию журнала - ретроспективный когортный анализ» . Журнал FASEB . 27 (7): 2536–41. DOI : 10.1096 / fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID 23554455 .  
  22. ^ Дэвис PM (июль 2013 г.). «Публичный доступ к биомедицинским статьям из PubMed Central снижает читательскую аудиторию журнала - ретроспективный когортный анализ» . Журнал FASEB . 27 (7): 2536–41. DOI : 10.1096 / fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID 23554455 .  
  23. ^ «Autism Speaks объявляет о новой политике, обеспечивающей семьям легкий и бесплатный доступ к ключевым результатам исследований - пресс-релиз - Autism Speaks» . www.autismspeaks.org . 25 июля 2012 г.
  24. ^ Антельман, Кристин (2004). «Имеют ли статьи в открытом доступе большее влияние на исследования?» . Колледж и исследовательские библиотеки . 65 (5): 372–382. DOI : 10,5860 / crl.65.5.372 ., обобщено Stemper J, Williams K (2006). «Научное общение: превращение кризиса в возможность» . Новости колледжей и исследовательских библиотек . 67 (11): 692–696. DOI : 10,5860 / crln.67.11.7720 .
  25. ^ Davis PM, Lewenstein BV, Саймон DH, Бут JG, Connolly MJ (июль 2008). «Публикация в открытом доступе, загрузка статей и цитирование: рандомизированное контролируемое исследование» . BMJ . 337 : a568. DOI : 10.1136 / bmj.a568 . PMC 2492576 . PMID 18669565 .  
  26. ^ «Национальная медицинская библиотека расширяет доступ к литературе о коронавирусе через PubMed Central» . Национальные институты здоровья (NIH) . 2020-03-25 . Проверено 31 марта 2020 . Чтобы поддержать эту инициативу, NLM адаптирует свои стандартные процедуры для размещения статей в PMC, чтобы обеспечить большую гибкость, которая обеспечит доступность исследований коронавируса.
  27. ^ «Включить PMCID в Citations | publicaccess.nih.gov» . publicaccess.nih.gov . Проверено 1 июля 2017 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • Система представления данных национальных институтов здравоохранения (NIHMS)
  • Политика общественного доступа NIH